Die Synode, das Parlament der Evangelisch-reformierten Kirche des Kantons St. Gallen, wählte sie Ende Juni in dieses Amt. Die Synode tagte nicht physisch, sie wählte brieflich. Das gibt die Kantonalkirche über ihre Website bekannt.Als Dekanin ist Manuela Schäfer Bindeglied zwischen dem Kirchenrat (Regierung der Kantonalkirche) und den Pfarrpersonen im Rheintal (auf dem Gebiet von Thal-Lutzenberg bis ins Sarganserland). Die Dekanin setzt zum Beispiel Pfarrerinnen und Pfarrer ins Amt ein und ist erst Ansprechpartnerin im Konfliktfall. Als Dekanin ist Manuela Schäfer Nachfolgerin von Renato Tolfo. Er ist Pfarrer von Rebstein.